话说在河南怀庆府与山西泽州府交界处，有一座山，相传是中华民族的始祖之一神农氏尝百草之地，因此名为神农山。山势险峻，树木茂盛，溪池泽涧密布，川谷陵峰纵横，景色十分秀美。在神农山之南麓，有一条深谷，东西走向，长约一万步。谷底一弯溪水，由东往西，淙淙流出。谷中阳光充足，雨露丰富，四季如春，植被茂密，自有那四时不败之花，冬春常绿之草。高大笔直的乔木，缠绕攀援的苍藤，一簇一簇的灌木，一丛一丛的禾草，生长的郁郁葱葱，繁盛无比。最令人称奇的是，谷中繁育着无数的蝴蝶，各种颜色，大小不一，在谷中翩翩起舞，沾花掠蕊，十分有趣。这里由此被人们称为蝴蝶谷。有道是：神农山下蝴蝶谷，人间仙境自古无。在蝴蝶谷中，聚居着二三十户人家，三三两两，五五四四，几家白墙青瓦，几家茅屋蓬门，有的建在水边，有的建在高处，村民都仗着神农山的名气，以采药种药为生。
谷中虽有人家，也有七八个与沉香同龄的男孩女孩，但他们都很少和沉香接触说话，有时站在一旁远远地望着，眼神中似乎还有一种鄙夷不屑的神气。
就在沉香十七岁生日的那个暮春下午，他一个人呆呆的站立着，已经西斜的阳光缓缓而有力照射在新立的石碑上，上面写着“母亲大人李氏讳灵芝之墓”。站在妈妈墓前，看着突起的坟堆周围上下起舞的彩蝶，心中念道：蝴蝶，蝴蝶，你们中间哪一个是梁山伯，哪一个是祝英台，那一个又是那个逍遥自在的庄生？妈妈，您是否也化作蝴蝶陪伴在孩儿身边呢？
妈妈死了，蝴蝶仿佛一夜间成了沉香最亲的亲人和朋友。沉香四岁的时候，在母亲的教导下，就能诵读唐诗；七岁七夕那天，因为寻找喜鹊，而走遍了整个山谷，惹来了妈妈第一次责罚；十岁，谷中草木的名称，已经知其十之八九了。此后，又于妈妈的讲述中，知道了梁山伯、祝英台、七仙女、白娘子；知道了林黛玉、薛宝钗、杜丽娘、崔莺莺——，而现在，则喜欢看蝴蝶。
从母亲墓沿着小路往前走十几步，便是自己家的三间茅舍，茅舍孤零零的搭建在谷中溪水北岸，周围生长着兰、蕙、丁香、白芷、杜若、蘅芜、茝兰、紫芸、青芷等很多香草。引蔓牵藤，有的都攀援到门里边来，异香奇色，满盈室内。沉香的母亲，闺名灵芝，本家姓李，家住沁阳县紫灵镇，乃本地方圆三百里之名门大户，实为诗礼簪缨之族，钟鸣鼎食之家。幼时李员外视若掌上明珠，聘老师宿儒昼课诗，暮课赋，学有余力，则习书作画。灵芝小姐天资聪颖，过目成诵。启蒙之后，尤喜读医药本草之书，虽无名医指点，然悟性极佳，所读皆能熟记于心。又喜爱入山采药，凡山中入药之植物，皆能一一辨别之。父亲当时阻拦道：“女孩子家，养在深闺，熟悉女红，将来嫁个读书上进的士子，相夫教子即可，读什么本草经，当什么女大夫啊。”但灵芝小姐软磨硬泡，只想外出采药，不让出去便擦眼抹泪，甚至以绝食相威胁。李老太爷也就慈心一软，索性不管了。于是找了个粗壮有力的丫鬟陪着她入山。这一天，灵芝换上衣服鞋袜，背上药篓，拿着采药铲，携女伴至蝴蝶谷中。忽见白木香、白玉兰两株，合抱成围，茎干参天，枝繁叶茂，香气袭人。灵芝奇之，走向前而抚摸树干，赞叹不已，又伸开双臂，试一试能不能抱得过来，又笑着问丫鬟道：“怎么前几天来时，还没有见这两棵大树，难道是从天外飞来的不成？”孰料话音未落，两株巨树忽而不见，又顿感腹中一震。吓的自己一下坐在地上，丫鬟也大惊四色，赶忙向前拉起小姐，匆忙忙返还家中。至晚小腹胀痛，一连数天，不思饮食。李员外延医视之。医生把脉之后，言道：“小姐身体没有什么问题，也不用吃药，过几天自然就好了”李员外问道：“小女到底是什么病，能否实告？”医生拱一拱手，道：“小姐没病，就是有喜了”。虽然嘴上道喜，却不住的摇头叹息。李员外一听，不禁大怒道：“像我等人家，若有女儿没出嫁就怀孕生子，成何体统！都怪你，你说一个女孩子家，出去瞎跑什么！我还有什么脸面立身于儒林士族？”一气之下，将灵芝逐出家门。倒是老夫人心怜爱女，询问了女儿的意见之后，命人在城外神农山下蝴蝶谷中，置草庐数间，令女居之，衣食柴米供给不绝，又令丫鬟仆役，十日之中辄去照顾一二。
灵芝迁居蝴蝶谷，谷中村民，几日之内便都知道了这位李家大小姐的事迹，老妪少妇，无不鄙夷，青壮汉子虽远远地说几句酸话，倒也都谨守规矩，谁都不来招惹。灵芝小姐在谷中形单影只，然亦合其本性，每日种花养草，吟诗作赋，过起那隐逸生活来，幸好衣食皆有娘家照顾，不至于挨饿受冻。一年之后，产下一对白白胖胖的子女。灵芝心知孩子与那两株异树有关，于是给这两个孩子起名叫沉香、辛夷。孰料产后一月，辛夷不翼而飞，摇篮之中却留下一锦帕，上题：“本是神农经中草，重作玉兰未开花”。灵芝万分悲痛，加之产后体弱，又少人照料，遂染虚弱之症。既失爱女，心意自全加于沉香之上。沉香初生之时，通身散发异香，且不知啼饥，只须吸风饮水，晒于日下，就能健康生长。如此，真是减去了抚养之辛苦。于是灵芝集中精力教沉香读书识字，诵诗念赋，冀后日长大成人，亦能出身科举而融入人世。
十几年光阴倏忽而逝。灵芝之病虽悉心调养，而竟无好转。沉香早已长成翩翩少年：一袭白衣，若春松直立；两泓星眸，似秋水深凝；面如冠玉，晶莹温润；眉成剑形，正气浩然。自有与普通少年不同之绝世风神。灵芝熟读医书，于己之症候岂有不知之理？一日，自知大限将至，遂将沉香唤至床前，道：“香儿，如今你已长大，妈妈每日教导你，今日倒想看看孩儿之天分和妈妈之成绩”。沉香恭敬答道：“孩儿有两首七绝，早想请母亲批改了”。灵芝笑道：你且读来。
沉香抑扬顿挫，摇头晃脑念：
一
西河嬉水蝴蝶随，东塘采莲乌云飞，
急雨响雷浑不管，掐根荷叶顶头归。
二
灶前身后药香随，山上岫中轻烟飞，
斜阳正落轻烟外，一声乳名唤儿归。
沉香吟毕，面露得意之色，低头轻问：“妈妈，孩儿写的如何？”灵芝轻咳一声道：“言语虽俗，却也情真意切、新颖别致，难为我儿了，——终不改顽劣本性。如今你长大，还如孩童一般，是该出去磨练一番了”。话音未必，一阵剧咳，待喘定之后，又缓缓说道：“孩子，自从生下你们兄妹——”，沉香不禁一惊：兄妹？我还有个妹妹？“——自从生下你们兄妹，我就染上不治之症，如今将要舍你而去了。妈妈临终有个心愿：我知道这很难，但你一定要努力去做，那就找到你的妹妹，带她来这里看看我。当年父亲冤枉了我，不认我这个女儿，他那么疼我爱我，为什么突然就变的那么狠心？你的外婆去世之后，李家再也没有派人来看我，难道父女之情真的不如脸面重要吗？等我走了，你一定要回到镇子上去寻找外公，然后去找妹妹，十多年了，不知他老人家身体还好么？”说道此时，早已泪流满面，不禁又是一阵急咳：“还有，你的外公，姓李讳名负剑，去镇上一问，尽人皆知，你妹妹名唤辛夷，有一个与你一模一样的银手镯，只不过上面錾的字与你有些不同。最重要的是后脖颈处有几朵辛夷花图案，图案上生着细细白色绒毛。”说着拿出锦帕，“这是与你妹妹关系甚大的话头，你要收好。”
沉香何曾经历过如此死别，双手捧过锦帕时，已泪流满面，泣不成声。沉香心中本来一直有个疑团，那就是出生以来，一直没见过自己的父亲。小时候，一提父亲二字，妈妈立即变的十分悲伤，无声哭泣，整日不食。以至于沉香懂事之后，再也不敢提父亲二字。如今，看妈妈成了这样，就更加不敢再问了。但天下如此之大，又向何处寻找妹妹呢？沉香一边哭，一边又问道：“妈妈，妈妈，我该向哪里去寻找妹妹呢？”灵芝咳嗽数声，说道：“据我猜测，当年妈妈生下你们之后，是你外公他老人家害怕我两个孩子照顾不过来，就命人偷偷抱走你妹妹自己抚养，留下你由我来抚养。但到底是不是这样，我从来没有回家去问过他，他也没派人来告诉我，你只要到镇子上找到外公，什么就都知道了”
灵芝又说道：“妈妈走了以后，你就成了孤儿，但妈知你天赋异禀，定非凡人，遇事自可逢凶化吉，一定会完成妈妈心愿，待得你们兄妹和外公一家团聚之后，妈妈也就瞑目了。孩儿，我等你们………”话未说完，已气绝身死，沉香不禁嚎啕大哭。
哭着哭着，天色已暗下来，自己想道：我应及早将妈妈安葬，然后出谷寻外公和妹妹，若如此啼哭不止，岂不辜负妈妈心愿？于是收住悲声，擦干眼泪，用平日采药之铁铲，于茅舍后面挖开一土穴，将妈妈躯体安放其中，覆香草于其身上，掩埋，堆土，植兰种蕙。心中默念：妈妈，妈妈，您在此安心睡好，我会完成您的心愿，到时，再来看你。
次日，沉香简单打点了一下行装之后，又一次来到妈妈墓前，却发现墓前新立了一块石碑，又见远处三五个人影，扛着锄头离开。沉香眼看着坟墓四周翩翩起舞的蝴蝶，心里想道：这里的人平时虽然不和我们母子多说几句话，但家里有了事情，都还是来挂念帮助的，我以后在这里也应该做点什么，报答他们。在母亲墓前思前想后了一番，沉香下定主意，挨过今天晚上，等明天天一亮，就出发，先去镇上找外公，求他帮忙寻找妹妹，以便完成妈妈的心愿。
第二天清早，正要出门上路，忽见一白发老者飘飘而来，不请自入。沉香每月都随母亲到紫灵镇卖药，也进过几次沁阳县城，见过各色人等，可如此神清气朗仙风道骨之来人，却从未见过，恭敬施礼道：“这位老爷爷，一大早到我家里来，有什么事情吗，我就要出发了”。
白发老者仰天一叹，唉了一声，随即沉声说道：“称吾为老爷爷？我是你的外公啊，老夫名叫李负剑，是你妈妈的父亲。你是不是叫沉香啊？你妈妈的事情我都知道了，刚才我也去看了看她的墓地，都怪我当年太顾及读书人的脸面，虽说女儿未婚生子乃礼教之大防，可灵芝也是我的亲生女儿啊！我现在十分后悔当年的所作所为。外孙现今有什么打算？你妈妈有什么遗愿？我当尽力帮助完成。”
沉香听说他便是自己的外公，心中不禁十分痛恨：妈妈被抛弃，得了重病不能医治，都怨外公你太自私。又转念一想：妈妈临终前让我找到外公，寻求帮助找妹妹，既然他能亲自来找我，说明他现在已诚心悔过，毕竟是我的外公啊，我也不能太责怪他了。于是沉香说道：“外孙本欲今日上镇子上寻找外公，不料外公挂念母亲及孩儿，来到这里找我。妈妈临终前，让我去紫灵镇找外公，说我还有一个双胞胎妹妹，无论如何也得找到她，让我们兄妹相认。”
李负剑听了这话，眉头紧锁，似乎很为难的说道：“你妹妹不在我家，也没有在镇子上，当日之事，老夫皆知其底细。你应沿着门前这条小溪一直向东走，出此蝴蝶谷而进入神农山，你妹妹辛夷正有危难待人解救。沉香外孙，前路艰难，希望你知难而退，不要去找了。正好我也没有儿孙，你只要随我回家，我的家财万贯全由你来继承。”沉香道：“外公这话说的不对，岂能以路途艰险而不思前进，且吾兄妹二人，都是母亲的至爱，当尽力而为，兄妹团聚，平安而返，来报答母亲大恩。让我一人贪图安乐，我实在是做不到。但外公你是如何知晓我妹妹在神农山里呢？”李负剑道：“二十年前之事，老夫一清二楚。你们兄妹，皆非世间凡人，你妹妹辛夷出生一月即被送回神农山。孰料又为人阴谋夺走，老夫本欲现身干预，然转念又想，神农山之前途命运，当由神农山药灵自行掌握，若所有药灵无担当无创制，邪念盈山，欲望盈壑，自甘堕落，即便挽救一时，又有何益？你既然不畏艰险，自愿重返山中，我亦不能全然撒手不管。”一伸手，从身后取出一根圆棍，长约二尺，通体白色，弯弯曲曲而光滑如磨，说道：“此物名唤打药鞭，我将其赠送于你。”沉香定睛一看，这不是一根普通的白腊条吗，心想，半截平常之白腊条，也当神器保管，也不见我门外有多少名药。脸上颇有鄙夷之情。
李负剑正色道：“且不可小看此鞭，此乃老夫之信物，想当初，吾即是以此鞭——算了，不提也罢。此物妙处，外孙日后自知。物虽是神物，若想发挥其大用，还全要看用物之人。老夫要走了，外孙儿要完成妈妈之心愿，神农山之事千万不要半途而废。”话未说完，人却不见。
沉香大惊，外公莫非神仙？为何来无影去无踪，虽不明老人家言语深意，然外公定是前来帮助我寻找妹妹，帮我实现妈妈遗愿，对自己十八年前的无情作为进行补偿。好吧，我今日就进入神农山。