1864年7月，幕府对长州藩志士们发动的禁门之变进行镇压。在京都的西乡遵从久光之命，参与镇压活动，在战斗中负伤，因而受到褒奖。9月，西乡在大阪会见了胜海舟。

    胜对西方十分了解，对幕府内情也有很深的认识。这次会见使西乡开阔了眼界，认识了幕府的腐朽和没落，思想发生转变。但这时的西乡仍有“萨藩主体”的地方意识，所以在行动上表现得十分动摇。

    当幕府于9月组织军队讨伐长州藩时，西乡仍从本藩利益出发，参加并指挥了征长讨伐军。但在翌年4月幕府组织第二次讨伐长州行动时，西乡已在行动上贯彻其强藩联合对抗幕府的主张，不顾幕府一再下令催促，坚决拒绝出兵。12月他派人与长州藩联络，并在1866年正月，于京都同长州藩倒幕派领导人木户孝允缔结了“萨长倒幕联盟”的密约。

    从此他作为一位倒幕派领导人在全国进行了广泛的倒幕活动。

    1866年7月，幕府将军德川家茂死，德川庆喜继任。12月，一贯压制倒幕派的孝明天皇神秘死亡(多数认为被公卿岩仓具视等毒死），由年仅14岁的明治天皇继位。倒幕派利用宫廷的形势，开始准备武装倒幕。在土佐奇人坂本龙马的斡旋之下萨摩藩与长州藩结成“萨长同盟”。之后萨摩与土佐藩也结盟。

    这几个“西南强藩”掌握天皇政府大权，共同讨伐幕府。

    西乡等人还与英国结成了“萨英同盟”，想从英国那里购买武器和取得财政援助，但他们对英国的侵略企图有所警惕。

    1867年7月27日，西乡在大阪会见英国公使馆官员沙托时表示：“关于变革日本政体问题，应由我辈尽力而为，如与外国人相商，则有失体面。”

    西乡的回答，表明他已有较强的民族意识。

    1867年9月，西乡、大久保通过岩仓等公卿，事先做好了用天皇名义发布《讨幕密旨》的准备。10月14日，萨长两藩得到了《讨幕密旨》。在部署就绪后，12月9日，西乡、大久保等倒幕派发动政变，发布《王政复古》大号令，宣布废除将军制度等，要德川庆喜立即“辞官纳地”。

    倒幕派于当天组织了新政府，西乡、大久保等掌握了新政府的实权。

    以德川庆喜为代表的旧幕府势力，不甘心退出历史舞台，因此发生国内战争，因是戊辰年间，史称戊辰战争。

    1868年1月在京都之南的鸟羽、伏见地区，幕府军与政府军发生了大规模军事冲突。西乡指挥了这次决战。由于兵士的奋勇和人民的支持，政府军打败了3倍于己的幕府军队，取得了胜利。

    西乡被新政府任命为陆海军负责人。2月，讨幕军从京都出发东征，包围了江户。这时，防守江户城的胜海舟，向庆喜说明了国内外形势，促使庆喜下决心投降。3月，西乡向幕府提出了7项投降条件，并去江户会见了胜海舟。

    最后签订了幕府投降协定，史称“江户无血开城”。8月，西乡又率讨幕军转战于关东和东北地方，征讨幕藩残余势力，取得节节胜利。凯旋回师后，西乡由于军功卓著受到了奖赏。9月，他以在倒幕维新运动和戊辰国内战争中的功勋，授正三位官职，赏典禄为两千石，成为诸藩家臣中官位最高、受封最厚的人。

    功成名就的西乡，出于封建思想，认为自己功名地位高于萨摩藩主岛津家，有损“忠臣”的声誉，遂于1870年1月辞职，回鹿儿岛做了藩政顾问，后任藩大参事。

    西乡离开中央回到地方，还因为他对明治政府实施有损于下级武士利益的政策感到不满。他很同情下级武士们在明治维新后的悲惨遭遇。

    西乡隆盛在请求萨摩藩政府救济一个参加内战的士兵的信中写道：“临生死之境，使之如私物，事定之后，即行抛弃，影响德义。”

    他的一首广为流传的言志诗写道：“几经辛酸志始坚，丈夫玉碎耻瓦全。一家遗事人知否？不为儿孙买美田。”

    西乡隆盛看不惯许多政府高官追名逐利，穷奢极侈，指责他们为“利”忘“义”。

    西乡的个人品德，在日本一直被人们推崇。

    正是在这些内政问题上，西乡与大久保等人产生了矛盾。

    西乡、大久保等人尽管有矛盾，但他们都认识到要建立近代国家，使日本摆脱半殖民地危机，必须消除封建割据局面，建立中央集权的国家政权。

    从1871年起，他们又在这个目标下联合起来，全力进行废藩置县的改革。

    1872年7月，西乡任陆军元帅兼近卫军都督。次年7月，政府公布《地税改革条例》等5个文件，实行变革封建土地所有制，确立近代土地制度的地税改革。在此前后，政府还进行了政治、经济和军事上的多项资产阶级改革。西乡主持和参与了这些改革，虽在改革内容上没有特别的建树，但他统帅军事力量，以武力为后盾，保证改革顺利进行，应该说是他的特有贡献。

    西乡、大久保、木户三人以在倒幕维新活动中的作用和贡献，被人们誉为“维新三杰”。

    在此前后，参与废藩置县、地税改革等资产阶级改革。

    月，因“朝鲜派遣使节问题”与大久保利通等人反对，辞职回到鹿儿岛，兴办名为私学校的军事政治学校。

    1877年被旧萨摩藩士族推为首领，发动反政府的武装叛乱，史称西南战争。

    由于华皇和华国的介入，这场原本就几个月就完事的西南战争，硬是被华军无限期拉长了，直到现在都不能算是完全结束。

    李鸿章和轩建章几乎是同时收到华皇的电报。

    李鸿章在长崎城，轩建章在福冈，福冈是华军在九州岛的一个指挥部，也是从长崎城到军队前线的一个中转站。

    现在西乡隆盛的手中的武士军已经不足5000人，而且大都是冷兵器，几乎对华军的后方造成不了大的威胁了，关键还是来自于北九州方向，日本政府军的压力。

    “按照陛下的指示，似乎我们最近要主动找日本人打一场了。”轩建章在电话中向李鸿章请示道。